- وزارة الداخلية
- رئاسة أمن الدولة
- إمارة منطقة مكة المكرمة
- النيابة العامة
- الهيئة الوطنية لمكافحة الفساد
- وزارة النقل
كما أشارت المصادر إلى أن رئاسة أمن الدولة ممثلة في جهاز المباحث الإدارية تشارك في أعمال التحقيق إلى جانب النيابة العامة وهيئة الرقابة والتحقيق والهيئة الوطنية لمكافحة الفساد. وقالت المصادر إن اللجان استمعت إلى إفادات بعض العاملين بالموقع والمشرفين والاستشاريين، كما ستستدعي بعض المسؤولين السابقين الذين أشرفوا على إنشاء المحطة من القطاعين الحكومي والخاص. وقد يستدعي الأمر إيقاف سفر البعض منهم لحين انتهاء التحقيقات حيث تعمل اللجان على مدار الساعة وفي أكثر من موقع لإنجاز المهمة تمهيدًا لرفع النتائج إلى المقام السامي وفق ما أعلن سمو الأمير خالد الفيصل.
وكان رئيس شركة السكك الحديدية بشار المالك قد أوضح في لقاء تلفزيوني أن من لديه أي معلومات وأدلة عن وجود فساد في تنفيذ المحطة عليه التقدم للجهات المختصة، وأضاف أن لجان التحقيق تعمل بشكل دقيق. فيما قال وزير النقل رئيس مجلس إدارة الشركة السعودية للخطوط الحديدية «سار» الدكتور نبيل العمودي إن القطار سيعاود تقديم خدماته خلال 30 يوما من محطة المطار الجديد.
من ناحيته أكد المستشار القانوني صالح مسفر الغامدي أن إجراءات التحقيق في حريق القطار سوف تكون مبنية على تقرير الاستدلال المرفوع من الدفاع المدني، والذي يتضمن عادة المسببات الدقيقة للحريق وتحديد موقعه، مشيراً إلى أن الخطوة الثانية هي شروع الجهات المعنية بالتحقيق مع كل الجهات والأفراد الذين يستلزم ملف القضية استدعاءهم للوصول إلى الحقائق. وكان مستشار خادم الحرمين الشريفين الأمير خالد الفيصل قد أعلن في وقت سابق عن تشكيل عدة لجان للتحقيق في الحادث ورفع النتائج للمقام السامي.